Azerbaycan'da bu dönemde Başbakan değişikliği yaşanmış ve yeni Başbakan Penah Hüseyinov Azerbaycan topraklarının işgalden kurtarılacağını, Türk birliğinin kurulacağını ve bu süreçte Başbakan Demirel'in tecrübelerinden yararlanmak istediklerini belirtmektedir. Bu dönemde Azerbaycan'da iktidarı tehdit eden Gence İsyanı'nı soruşturan Devlet Komisyonu, çatışmaların yayılmasından hükümeti sorumlu tutarken, kentte yağmalama olaylarının başladığı bildirilmektedir. Bu arada siyasi bunalımın aşılması için Azerbaycan yönetiminin destek istediği Nahçıvan Özerk Cumhuriyeti Meclis Başkanı Haydar Aliyev, 9 Haziran 1993 tarihinde Bakü'ye gider ve Azerbaycan Cumhurbaşkanı Ebulfez Elçibey'le biraraya gelir. Elçibey'in Aliyev'e başbakanlık önerdiği söylentiler arasındadır. Öte yandan Azerbaycan'daki bağımsız Turan Ajansı, Cumhurbaşkanı Elçibey'in bu göreve seçilişinin birinci yıldönümü sebebiyle yayınladığı bültende, Elçibey yönetiminin 'yeteneksizlik örneği' verdiği görüşünü savunurken, Türkiye'nin Azerbaycan'ın sorunlarına ilişkin tavrının da 'boğulmakta olan birine kıyıdan yüzmeyi öğretmeye' benzediğini iddia eder. Ajansın yorumunda Elçibey'in iyi niyetli ve samimi bir lider olmasına karşın bunun başarılı bir yönetim için yeterli olmadığına iyi bir örnek oluşturduğu kaydedilmektedir.
Refah Partisi Genel Başkanı Necmettin Erbakan 10 Haziran 1993 tarihinde TBMM'de yaptığı konuşmada, Azerbaycan konusuna da değinerek, 'Azerbaycan'a karşı tavrımızdan dolayı Türk devletleri nezdindeki itibarımız yıkılmıştır.' diyerek Türkiye'nin takındığı tavrı eleştirir. Aynı oturumda söz alan Çorum Milletvekili Muharrem Şemsek, Ermenistan'ın Azerbaycan'daki işgali ve katliamını büyük devletlerin izlediğini belirtir.
Suret Hüseyinov'un yönetimindeki isyancıların Bakü'ye doğru hareket etmeleri üzerine 18 Haziran 1993 tarihinde Azerbaycan Cumhurbaşkanı Elçibey Bakü'yü terk etmek zorunda kalır ve Nahcıvan'a yerleşir.
Milliyet Gazetesi yazarı Nur Batur, 'Türkiye Elçibey'i Nasıl Kaybetti?' başlıklı makalesinde ; 'Elçibey'in devrilmesinin Türkiye'nin Türk Cumhuriyetleri ile ilgili politikalarına bir darbedir. İşte bu gün Ankara'da herkes bunun şokunu yaşıyor.' İfadesi ile Türkiye'nin kaybının çok yönlü olacağına dikkat çekmekte, ayrıca Bakü'deki darbenin arkasında Rusya'nın olduğunu da ilave etmektedir.
Ancak Rusya Dışişleri Bakanlığı sözcüsü yaptığı açıklamada bu iddiaları reddederek Azerbaycan'ın rahat bırakılmasını ister.
Bakü'deki bu karışıklıklar nedeniyle Türkiye'den Sivas Milletvekili Muhsin Yazıcıoğlu ve dokuz arkadaşı bu dönemde TBMM'ne verdikleri önerge ile konuyu meclis gündemine taşırlar. Muhsin Yazıcıoğlu ve dokuz arkadaşının 23 Haziran 1993 tarihinde vermiş oldukları önergede; 'Azerbaycan Cumhurbaşkanı Elçibey'in Bakü'yü terk ederek Nahcıvan'a gitmek zorunda kaldığını, genelde isyan başlatan bir gurubun yönetime el koyduklarını, meşru yönetime karşı yapılan bu hareketin bir darbe olduğunu, Ermenistan'ın saldırılarının devam ettiği bir ortamda yapılan bu darbenin bölgede istikrarı bozduğu gibi Türkiye'yi de yakından ilgilendirdiğini, bu nedenle TBMM'nin bu konuyu görüşmesi gerektiğini 'belirtirler. Aynı konu ile ilgili Gümüşhane Milletvekili Oltan Sungurlu ve kırkbeş arkadaşı da görüşme önerisinde bulunur. Yaptıkları başvuruda ; ' Dost ve kardeş ülke Azerbaycan'da Elçibey'e karşı yapılan darbe girişiminden milletimiz derin üzüntü duymuştur. Elçibey demokratik seçimle Cumhurbaşkanı olmuş ve Bağımsız Devletler Topluluğu'na üye olmayan tek devlet olmuştur. Tarafsızlık ve Dünya ile birlikte hareket etme söylemi Azerbaycan'ı, Rusya, İran ve Ermenistan karşısında yalnız bırakmaktadır.' denilecektir.
Çorum Milletvekili Muharrem Şemsek ve dokuz arkadaşı 24 Haziran 1993 tarihinde Azerbaycan'da yaşanan gelişmeler ile ilgili bir önerge vererek görüşme talep ederler. Önergede; 'Kardeş Azerbaycan Cumhuriyeti'nin karşılaştığı işgal, iç isyan ve kargaşa ile diğer gelişmeler konusunda Türkiye'nin yaptığı ve yapması gerektiği hakkında bir görüşme yapılması' istenir.
Başbakan Tansu Çiller 30 Haziran 1993 tarihinde TBMM'nde yaptığı konuşmada Azerbaycan konusuna da değinerek, 'dost ve kardeş Azerbaycan'a yönelik saldırıların durdurulması, Azerbaycan ile Ermenistan arasındaki anlaşmazlığa, Azerbaycan'ın toprak bütünlüğünün korunması ve insan haklarına saygı temelinde barışçı bir çözüm bulunması yolundaki girişimleri kararlılıkla sürdüreceğiz. Azerbaycan'ın iç sorunlarını çağdaş normlara uyumlu bir şekilde, meşruiyet esası üzerinde birlik ve beraberlik içinde aşması içten dileğimizdir.' ifadesi ile genel olarak yeni hükümetle birlikte Türkiye'nin Azerbaycan politikasının nasıl olacağının ipuçlarını verir.
1 Temmuz 1993 tarihinde ise Afyon Milletvekili Gaffar Yakın TBMM'de yaptığı konuşmada; Adriyatik'ten Çin Seddi'ne rüyasının sonuna gelindiğini, Bakü'de Suret Hüseyinov'un bir avuç insanla ihtilal yaptığını, 7 Haziran 1993 tarihinde Azerbaycan'a demokratik bir seçim ile Cumhurbaşkanı seçilen Elçibey'in Moskova destekli darbe ile görevden uzaklaştırıldığını, Azerbaycan'da KGB ve Rusya'nın askeri varlığı, ekonomik zorluklar ve yüksek enflasyon, devlet bürokrasisinde eskilerin varlığı, Azerbaycan'ın Bağımsız Devletler Topluluğuna üye olmaması, petrolünün kontrolünü Rusya'ya vermek istememesi, 'Bakü Tebrizsiz olmaz' söylemi ile İran'ın Elçibey'in karşısında olması bu durumu getirmiştir diye bir değerlendirmede bulunur. Konuşmasının devamında; Türkiye'nin Azerbaycan'a yeterince yardım edemediğini belirtir ve savaşamayabilirdik ama askeri eğitim sağlayabilirdik, silah yardımı yapabilirdik, gönüllüler gönderilerek Azerbaycan'ın inşası yeniden sağlanabilirdi. Oysa Elçibey'in tecrübesizlikle suçlandığını ifade ederek Türk Dışişleri Bakanlığı'nı yetersiz bulduğunu belirtir. Aynı oturumda Afyon Milletvekili Gaffar Yakın'ın yaptığı konuşmaya cevaben söz alan Dışişleri Bakanı Hikmet Çetin; Elçibey'in Helikopter isteğinin dışında bütün isteklerinin Türkiye tarafından yerine getirildiğini, Azerbaycan'daki gelişmelere Türkiye'nin müdahil olamayacağını, Azerbaycan'a gerekli teknik desteğin yapıldığını, Azerbaycan'da tam bir devlet yapısı olmadığı için bunların yaşandığını, Elçibey'in de bunda kusurunun olmadığını, Eximbanktan kredi sağlandığını, petrolle ilgili olarak ABD ve İngiliz Konsorsiyumunun aktif olduğunu, Türkiye'nin British Petrolün hissesinden %2,5 alacağını, Azerbaycan'a herhangi bir menfaatle gidilmediğini belirtecektir.
Azerbaycan'ın Başkenti Bakü'de inisiyatifi eline alan Aliyev, Türkiye'nin Elçibey'den vazgeçmesini ve yeni yönetimi tanımasını ister. Diğer yandan Bakü Parlamentosu'nda Aliyev'in Suret Hüseyinov'u başbakanlığa teklif etmesiyle birlikte Azerbaycan'da yapılan darbe yasallaştırılmaya çalışılmaktadır. Ancak Aliyev bu yorumu kabul etmez. Milliyet Gazetesi yazarı Nur Batur'a yaptığı açıklamada; 'Ben bunu darbe diye kabul etmiyorum. Darbeyi de kanunlaştırmadık. Yapılan gerçekçiliktir. Gerçekleri dikkate alarak bunu yapıyorum' diyecektir.
Aliyev'in Cumhurbaşkanına bağlı olan İçişleri, Savunma ve Milli Güvenlik bakanlıklarını da Hüseyinov'a bağlaması Bakü'de en fazla şaşkınlık yaratan gelişmelerden biri olur. Aliyev Hüseyinov'un yetkilendirilmesi ile ilgili de ; 'Hayır devretmedim' diye karşılık verir ve cevabında; 'Başbakan da Cumhurbaşkanına bağlıdır. Sadece başbakana savaş ve savunma alanında daha iyi çalışması imkanını verdim. Esas güç, her şey benim elimdedir.' der.
Diğer yandan Türkiye'nin tavrı ile ilgili yaptığı açıklamada; 'Ben biliyorum ki Türkiye'de Elçibey'in hürmeti var. Fakat Türkiye Azerbaycan devletiyle hesaplaşmalıdır. Elçibey bir şahıstı. Azerbaycan da devlet var. Parlamento var. Türkiye yeni yönetimi tanımalıdır.' diyerek karşılık verir.
TBMM'nin 6 Temmuz 1993 tarihli oturumunda söz alan Anavatan Partisi Malatya Milletvekili Metin Emiroğlu gurubu adına yaptığı konuşmada; 'Azerbaycan'da demokratik seçimle gelmiş olan Elçibey'in bir darbe sonucu görevden uzaklaştırılması demokrasinin bu bölgelerde gelişmesini önleyen bir durum yaratmış, Türkiye'nin inisiyatifine ve prestijine bir darbe mahiyeti arz etmiştir. Ayrıca Türkiye'nin bölgedeki hayati menfaatlerini tehlikeye atmış ve diğer Türk Cumhuriyetleri ile olan ilişkileri zayıflatmıştır.' diyerek Türkiye'deki Elçibey konusunda hala hassasiyetin devam ettiğini gösterecektir (Devam Edecek).