Asker kaçakları için veya acil durumlarda isyancıları yargılamak ve cezalandırmak amacıyla kabul edilen bu kanun, muhalefetin tüm direnmelerine rağmen, idam yetkisini de kapsayacak şekilde yürürlüğe girer. Ordu birlikleri, 26 Marttan itibaren Varto, Elazığ ve Diyarbakır üzerinden harekata başlar. İsyancılar dört yönden kuşatılırlar. Çembere alınarak İran, Irak ve Suriye'ye kaçmaları da engellenir. 31 Martta Diyarbakır ve Elazığ'dan gelen kuvvetler birleşerek Şeyh Said'in karargahının bulunduğu Hani'ye girerler. 2 Nisan'da kuşatmanın son aşaması da tamamlanınca isyancıların ana kuvvetleriyle çatışma başlar. Nisan da Silvan, Palu ve Piran ele geçirilir. Bütün isyancılar Genç yönünde kaçmaya başlar. Kış mevsiminin sert koşulları henüz geçmemiş olmasına rağmen, harekat bütün hızıyla devam edecektir.
7 Nisan 1925 tarihinde Başbakan İsmet Paşa, TBMM'nde ayaklanmanın hızla bastırılmakta olduğunu, isyancıların son direnme umuduyla dağlık yörelere çekildiklerini, harekatın kısa zamanda başarıyla biteceğini bildirir. Bu sırada devrik Padişah Vahideddin, San Remo'da olayları yakından izlemektedir. Düzenlediği bir basın toplantısında ; 'Sevgili uyruklarının Kuvay-ı Milliyecilerin zulmünden usandığını ve Padişahlarını istediği için ayaklandıklarını' ileri sürmektedir. Ancak, San Remo valisinin uyarısı üzerine, bu tür politik demeçlerinin önü alınır. Gittikçe artan başarılı harekat sonunda, ayaklanma Nisan ayı ortasında hemen hemen tamamen bastırılır ve Şeyh Said ele geçirilir.
Artık söz İstiklal Mahkemeleri'nindir. Ayaklanmanın bastırılmasından sonra yer yer küçük ayaklanma belirtileri görülse de, geniş kapsamlı bir eylem olmaz ve ayaklananlar İstiklal Mahkemeleri'nce yargılanmaya başlar. Ayaklanma suçlularının sıkıyönetim mahkemelerince değil de, İstiklal Mahkemeleri'nde yargılanmalarına büyük özen gösterilmektedir. Ayaklanmanın bastırılması harekatı sürerken 'The Times' ; hükümetin Türk halkının asgari haklarını dahi çiğnediğini ileri sürerek, muhalefeti destekleyen çevrelere sindirme yöntemi uygulandığını, Franklin Bouillon'un görüşmeleri sırasında, Fransa'nın Hatay üzerindeki iddialarının kararlılığını belirtmesinin Türkleri şaşırttığını yazmaktadır. İngiliz Elçiliği de, Londra'ya yolladığı raporda, gelişmeleri anlattıktan sonra, Türklerin seferber edilmiş kuvvetleri Musul'a karşı kullanabileceklerini, ayaklanmaya İngiltere'nin sebep olduğunu ve hatta Ermeni ve Nasturilerin dahi kışkırtıldığını, bunun da Türkiye'de yaygın bir görüş olduğunu belirtmektedir. 21 Nisan tarihli diğer bir raporda da, Şeyh Said ayaklanmasında elde edilen belgelerden, Irak'taki İngiliz makamlarının, ayaklanmayı onayladıklarını kabul etmektedirler.
20 Nisan 1925 tarihinde İsmet Paşa, TBMM'ne verdiği dört önerge ile, Meclisin yakında tatile gireceğini belirterek ;
Özel kanuna göre 6 ay çalışmak üzere kurulmuş olan İstiklal Mahkemeleri'nin sürelerinin, bitiminden sonra 6 ay daha uzatılmasını,
Meclis tatile gireceği için, Meclisin tatilde bulunduğu süre içerisinde Ankara İstiklal Mahkemesi'nce verilecek idam kararlarının da Meclisin yeniden toplanacağı tarihe kadar, Meclis onayına gerek kalmadan uygulanması için mahkemeye yetki verilmesini,
Ayaklanma bölgesinde 24 Nisan 1925 tarihine kadar ilan edilmiş bulunan sıkıyönetimin, meclis tatile gireceği için 24 Nisan'dan itibaren yedi ay daha uzatılmasını,
Ayaklanma bölgesinde mülki idare teşkilatında değişiklik yetkisinin Meclisçe hükümete verilmesini ister.
Feridun Fikri Bey, İstiklal Mahkemeleri'nin görevlerinin bitmesine daha dört buçuk ay varken, yeniden altı ay daha uzatılmasının gereksiz olduğunu söyler. İçişleri Bakanı Cemil Bey, Doğu'da çıkan ayaklanmanın henüz bastırılmamış olduğunu ve mahkemelere her gün yeni olaylar geldiğinden, sürenin uzatılmasının gerekli olduğunu belirtmektedir. Ali Fuat Paşa'nın 'olağanüstü şartlar devam ettiğine ve Meclis tatilde olacağına göre, Hükümet sorumluluğu yüklenebilecek midir?' sorusuna ise Cemil Bey, hükümetin her zaman sorumluluğunun bilincinde olduğu cevabını verir. Konya Mebusu Refik Bey, İstiklal Mahkemeleri'nin, memleketin içinde bulunduğu olağanüstü şartların sonucu kurulduklarını, dolayısıyla bu şartlar ortadan kalktığı takdirde, mahkemelerin çalışmalarının Meclisce derhal durdurulacağını ve endişeye yer olmadığını söyleyecektir.
İstiklal Mahkemeleri konusunun yeniden Meclise gelmesi, muhalefetin karşı çıkma olanağını da hazırlamıştır. Bu yüzden tartışmalar çok uzar. Halis Turgut Bey, mahkemeler kendilerini, görevlerinin çok olduğundan, sürelerinin uzatılmasını istemediklerine göre, hükümet teklifinin yersiz olduğunu, Mustafa Necati Bey, 'İstiklal Mehakimi Kanunu'na göre teklif yetkisinin hükümete ait olduğunu, büyük bir zaferin kazanılmasındaki etkenlerden birisi olduğunu belirttiği İstiklal Mahkemeleri'nin bugünkü olağanüstü durumda gerekliliğini ileri sürecektir. Muhalefetin engelleyici çalışmalarına rağmen oylamaya geçilir. Ayaklanma bölgesinde mahkemelerin ve dolayısıyla sıkıyönetimin 7 ay daha uzatılması teklifi tartışmaya gerek kalmadan kabul edilir. Ankara İstiklal Mahkemesi'ne idam yetkisi verilmesi teklifi de ele alınır. Bu konu her gündeme geldiğinde, özellikle Feridun Fikri Bey'in karşı koyması ile karşılaşmaktadır. İdam yetkisinin Meclise ait olduğu için, daha önce söylediği sözleri yineleyerek, teklifin Anayasaya aykırı olduğunu ileri sürer. Refik Bey, Feridun Fikri Bey'in yeni bir şey söylemediğini ve cevaplarının daha önce verilmiş olduğunu belirtir. Kazım Karabekir Paşa, İsyan Bölgesi İstiklal Mahkemesi'nin idam yetkisinin şartlar gereği doğru olduğunu, fakat Ankara İstiklal Mahkemesi için aynı gerekçenin olamayacağını, eğer Ankara dolaylarında olağanüstü şartlar varsa, Meclisin derhal yeniden toplanabileceğini belirterek, idam yetkisine karşı çıkar.
Tartışmalar aynı sözlerin tekrarlanmasıyla uzar. Kazım Karabekir Paşa bir önerge vererek hükümetin Ankara İstiklal Mahkemesi'ne idam yetkisi verme düşüncesinin reddini ister, ancak oylama reddedilir. Hükümet teklifinin oylamasına geçilir. Oylama sonuçları beklenirken, hükümetin ayaklanma bölgesinde mülki idarede değişiklik yapma yetkisi için yaptığı isteğin görüşülmesi başlar. Feridun Fikri Bey, böyle değişikliklerin kanunla yapılabileceğini, dolayısıyla hükümete böyle yetki verilemeyeceğini, İçişleri Bakanı, önerinin kanun gücünde olduğunu belirtirler. Oylama sonucu, teklif oy çokluğuyla kabul edilir. Daha sonra, İstiklal Mahkemeleri için yapılmış olan oylamanın sonucu gelir. Ankara İstiklal Mahkemesi'ne idam yetkisi verilmesi için yapılan hükümet teklifi 18 red, 1 çekimser oya karşılık, 129 oy ile, İstiklal Mahkemeleri'nin sürelerinin 6 ay uzatılması ise 17 red, 2 çekimsere karşılık 130 oyla kabul edilir. Böylece hükümetin tüm teklifleri, iktidar partisinin oylarıyla onaylanır. 22 Nisanda da Meclis tatile girer.
İstiklal Mahkemeleri'nin çalışmaları her 6 ayda bir, Meclis kararıyla uzatılarak 7 Mart 1927 tarihine kadar sürecektir. 13 Mart 1926 tarihinde 738 no'lu kanunla İstiklal Mahkemeleri'ne, gerektiğinde bir savcı yardımcısı seçilmesi, ayrıca idam yetkilerinin devam etmesi de kabul edilmiştir.
29 Mayıs 1926 yılında da 868 no'lu kanunla, 'İstiklal Mehakimi Kanunu'nun üçüncü maddesi, 1 Temmuz 1926 yılından geçerli olmak üzere, 'Kanun-u Ceza'nın ikinci kitabın birinci babının birinci, ikinci, dördüncü fasıllarındaki vatan ve devlet kuvvetleri aleyhindeki cürümleri irtikab edenlerle mezkûr fiiller arasında müşterek hükümlerde mevcut ceraimi irtikab edenler' şeklinde değiştirilir.
İçişleri Bakanlığı'nın isteği üzerine 3 Mayıstan itibaren, sıkıyönetim bulunan bölgeye dışarıdan gazete ve dergilere ve postalara sansür uygulanmaya başlar. 31 Mayısta çıkarılan bir ek ile Fransızca gazete ve mektuplara da sansür uygulanmaya başlar. Hükümetin sıkıyönetim aracılığı ile uyguladığı ilk ve son sansür önlemi bu olacaktır. Ayaklanma son bulduktan sonra kaldırılarak, sansür uygulamasına son verilir ve Teşkilat-ı Esasiye Kanunu'nun 77. Maddesindeki basın özgürlüğü esaslarına kısa bir aradan sonra yine dönülür. Bu uygulama, içinde bulunulan olağanüstü şartlar sebebiyle yalnız sıkıyönetim uygulanan yerlerde yapılmıştır (Devam Edecek).