Birinci derecede suçlu olanların sorgusundan sonra Ziya Hurşid'in ağabeyi Ordu mebusu Faik Bey'in sorgusunda, Rauf Bey'in kendisine, Sabit Bey'in Rauf Bey'e dediği gibi, kardeşi Ziya Hurşid'in bir suikast yapmayı planladığını ve engel olmasını istediğini söylediğini belirtir. Faik Bey'in, bir suikast girişiminden Rauf Bey'in bilgisi olup bunu engellemek istediği yolundaki ifadesi ilgi çekicidir. Daha sonra Rauf Bey'in Kazım Karabekir Paşa'ya da söylediğini ve Refet Paşa'nın da haberi olduğunu, hatta Sabit Bey'in, suikast teşebbüslerini reddetmesine rağmen kuşku duyduğunu söylediğini Rauf Bey'e ilettiğini, fakat Rauf Bey'in sesini çıkartmadığını anlatır. Faik Bey'in görüşüne göre, suikast teşebbüsünü Ziya Hurşid tek başına hazırlamış olamaz. Faik Bey'den sonra, bir numaralı suçlu görülen İzmit mebusu Şükrü Bey'in sorgusuna geçilir. İttihat ve Terakki'nin komitecilerinden Şükrü Bey, başkanın sorularına karşılık, İttihatçılık yapmadığını ve suikastla ilişkisi olmayıp Laz İsmail'i tanımadığını ve Ziya Hurşid ile de suikast için görüşmediğini söyleyerek bütün suçlamaları reddeder. Daha sonra Sarı Efe Edib ve Rasim Beylerle yüzleştirilir. Onların bütün açıklamalarını da reddeder. Başkan Ali Bey, Ziya Hurşid önce Abdülkadir ve sonra Şükrü Bey ile ilişki kurduğunu söyleyince, Şükrü Bey bunların oyun olduğunu ileri sürerek avukat tutmak ister. Fakat Başkan Ali Bey; 'İstiklal Mahkemeleri, dava vekillerinin canbazlığına gelmez. Mahkememizin derecatı yoktur' diyerek Ziya Hurşid'in sözlerini cevaplandırmasını ister. Şükrü Bey, bütün bu ifadeleri reddederek, hepsinin uydurma olduğunu ileri sürer. Birinci derece suçlu sayılanlardan Arif Bey de olayla olan ilişkisini reddetmektedir. Laz İsmail'in, evinde kalmadığını söyler. Laz İsmail ile yüzleştirilmesine rağmen yine reddeder. Fakat şoförü ve hizmetçisi Laz İsmail'in ifadesini doğrulamalarına rağmen Arif Bey ısrar edecektir.
30 Haziran'da İstiklal Mahkemesi Başkanı Ali Bey'in yaptığı açıklama ve Terakkiperver Fırka hakkındaki görüşü, bu tutuklamaların sebep ve gerekçelerini belirtmeye yöneliktir. Mahkemenin olaya ilk el koyduğu günlerde bir açıklama yaptığını hatırlatan Ali Bey, Lozan Konferansı'ndan sonra lider kadroda başlayan ayrılığı ve bu gelişmelerin bir çok olaya yol açtığını belirterek şöyle demektedir;
'Olayın içyüzü günden güne inkişaf etmiş ve şayan-ı dikkat olan esasları tespit edilmek üzere bulunmuştur. Hatırlardadır ki, Lozan Konferansı'ndan sonra rical-i inkılap arasında ufak tefek sû'i- tefehhümler asarı ve mesela Rauf Bey'in Cumhuriyet'in ilanı hakkındaki beyanatı ile Halk Fırkası dahilinde bir münakaşa zemini mevzu-u bahs olmuştur. İşte bu tarihlerden itibaren ve belki daha evvel ikinci devre-i intihabiye zamanlarında kendilerini İttihat ve Teraakki'nin erkanından add eden bazı kimselerin toplanarak güya inkılap cemiyeti olan Müdafa'a-i Hukuk'a müzaheret etmek suretiyle mevcudiyetlerinin tanınmasını teklif etmişlerdi. İşte bu zümre bilahare rical-i inkılap arasında mevzu'-u bahs olan ufak tefek sû'i tefehhüm arasından istifade ederek bir fırka teşkiline doğru için için faaliyete geldikleri ve bir fırkanın teşkili için azami çalıştıkları bugün mertebe-i sübûta varmaktadır. Kemal-i hayretle Terakkiperver Fırka'nın teşkili ibtidalarında Şükrü, Kara Kemal, Cavid Bey gibi İttihat ve Terakki devrinin son meş'ûm günlerinde kalb-i millette elim hatıralar bırakmış olan kimselerin kendilerine mensub add ettikleri anasırla ikinci grub zümresini mezc ve tekib ve Terakkiperver Fırka nam ve hesabına olarak yeni bir fırsat ve maharette meydana çıktıkları anlaşılmaktadır. İnkılabın ekseriyet fırkasının karşısına çıkarak mücadeleye sevk ettikleri bu fırkanın vaz' ve hareketleri ile memlekette hasıl olan muhtelif teşvîkat ve tesvîlatın mesela, Şeyh Said ve şapka meselesi dolayısıyla husûle gelen isyanların Cumhuriyet'in demir pençesi önünde bertaraf edildiğini gören, sükûn ve intizam alemini istikrar etmek üzere olduğunu maşahede eden bu gizli meş'ûm kuvvetin ve onlara mümaşatkar olan fırka zimamdarlarının eser-i delaleti olmak üzere nihayet bugünkü suikast icrasına doğru bir fikir ve kanaat tebellür etmiş ve bir yıldan beri tatbikine teşebbüs edilmiş olduğunu görmekteyiz. Bu hadise ve bunun içyüzü maalesef vatanın (aleyhine) olarak şu suretle tecelli etmiş olması pek elim olmakla beraber ümitvarız ki mahkememiz bu meş'ûm rollerin amilleri ve meş'ûm dimağları birer birer ayırarak vatanın terakki ve inkişafına tehlike kuvvetinde olan bu safhayı hall edecek ve layık olanlara cezay-ı sezalarını tertip edecektir'.
Onun bu sözleri hiçbir yoruma gerek duyulmaksızın olayı açıklamaktadır. İstiklal Mahkemesi'nin kararı ile suikast olayında ilişkilerinin olup olmadığının anlaşılması için, İstanbul'da haklarında soruşturma yapılıp, ilişkileri görülmeyen Trabzon mebusu Muhtar, Bursa mebusu Osman Nuri, Trabzon mebusu Rahmi, Erzurum mebusu Münir Hüsrev, İzmit mebusu Mustafa ve Kastamonu mebusu Halid Beyler ile Sarı Efe Edib'in kayınbiraderi Dr. Mustafa Şevket ve Kars mebusu Ömer Bey'in serbest bırakılmalarına, 30 Haziran da karar verilir. Duruşmasız geçen 1 Temmuzda, Mithat Şükrü, Dr. Nazım, Küçük Talat, Galatalı Şevket Beyler tutuklanırlar. Eskişehir'de tutuklanmış olanların ise Ankara'ya gönderilmesine karar verilir.
Milli Mücadele'nin liderlerinden olan paşaların sorgulanmalarına 3 Temmuz da başlanır. Aslında suikast davasının İttihat ve Terakkicileri yargılayacağı belli olmuştur. Mahkemede Terakkiperver Fırka mebuslarının suçlu olarak yargılanmasını teklif eden Necib Ali Bey, Cumhurbaşkanı'na suikast yaparak hükümeti devirmek için teşebbüste bulunan Ziya Hurşid ve arkadaşlarını bu suça sevk eden, para ve silah sağlayan, kapatılmış Terakkiperver Fırka'ya mensup mebusların, başlangıçta parmakları ve yapılmasında bilgileri bulunduğunun soruşturma ile anlaşıldığını ve suikast yapılacağı sırada bütün delillerle suçüstü tutuklanmış olduklarını ileri sürdüğü 'Büyük Millet Meclisi üyesi Kazım Karabekir, Cafer Tayyar, Ali Fuat, Refet, Rüştü Paşalar ve Sabit, Halis Turgut, İhsan, İsmail Canbolat, Münir Hüsrev ve Faik Beylerle eski Maliye Nazırı Cavid, eski Ardahan mebusu Hilmi ve bugün ortadan kaybolmuş bulunan iaşeci Kara Kemal Beylerin cürümlerinden dolayı muhakeme edilip cezalandırılmalarını' ister. Daha sonra Sabit Bey'in ve Rüştü Paşa'nın sorgusu yapılır. Sabit Bey, eski ifadesini tekrarlarken, Rüştü Paşa ifadesini değiştirir ve suikasttan bilgisi olmadığını ileri sürer. Rüştü Paşa'dan sonra Kazım Karabekir Paşa, Başkan Ali Bey'in kendisine niçin muhalefete geçtiği sorusuna karşılık ; 'Her inkılapta olduğu gibi, ilk zamanlar birlikte çalışanlar, amaç hasıl olduktan sonra ortaya çıkan parazitlerin bu birliği bozduğu görülür' şeklinde başlayan sözleriyle, Lozan'dan sonra Rauf Bey ve İsmet Paşa arasında başlayan ayrılığın giderek kendi aleyhlerinde çok sert eleştirilere yöneldiğini, kendilerinin yobaz olarak tanıtıldıklarını, bir parti kurmaya zorlandıklarını ve hükümetin de bunu teşvik ettiğini söyler. Suikast olayı hakkında Rauf Bey'in kendisine hiçbir şey söylemediğini belirterek, Sabit Bey'in iddiasını reddeder. Sonra Ali Fuat Paşa'nın sorgusuna geçilir. Ali Fuat Paşa da suikasttan haberi olmadığını, Sabit Bey'in anlattığının basit bir sofra tartışması şeklinde anlatıldığını ve suikast anlamında yorumlanmadığını belirtir. Refet Paşa sorgusunda, suikasttan haberi olmadığını, tutuklamaların duyulması üzerine kendisi ile görüşmeye gelen Rüştü Paşa, Bekir Sami, Feridun Fikri Beylerin dokunulmazlıkları varken tutuklanmalarının Anayasa'ya aykırı olduğu için Büyük Millet Meclisi Başkanlığı'na başvurmayı teklif ettiklerini, kendisinin bu teklife karşılık, dokunulmazlık arkasına sığınırlarsa kendilerinden şüphelenilebileceğini söylediğini belirtir. Cafer Tayyar Paşa'ya karşı sert davranan Başkan Ali Bey, suikastı Terakkiperver Fırkanın yapmış olabileceği yolundaki sorusuna karşılık, istediği cevabı alamaz. Halis Turgut Bey sorgusunda, suikast ile ilgili bütün iddiaları reddeder ve Ziya Hurşid'le yüzleştirilir. Ziya Hurşid, Rüştü Paşa ve Halis Turgut ile yaptığı görüşmeleri açıklar. Ancak Halis Turgut yine de her şeyi reddedecektir.
6 Temmuzda, eski İttihatçılardan önemli bir kişi olan Cavid Bey'in sorgusuna geçilir. Başkan Ali Bey, Cavid Bey'e, Talat Paşa Hükümeti'nin istifasının sebebini açıklamasını isteyen sorular sorar. Özellikle Milli Mücadele'nin kazanılmasından sonra, Kara Kemal ile Cavid Bey'in evinde yapılan toplantılar sorgulanmaktadır. Söz alan Savcı Ali Bey, İzmir'de Cumhurbaşkanı'nı öldürmeye girişilenden ayrı olarak hükümeti devirmeye yönelik bir 'Kara Çete'nin var olduğunu, bunların eski İttihatçılar olup, daha önce, davalarının Ankara'da görüşülmesi kararlaştırıldığından, davanın Ankara'ya alınmasını ister. Mahkeme bu isteği uygun bulur. Böylece İstiklal Mahkemesi'nin çalışması, 'İzmir Suikastı Davası' ve 'İttihatçılar Davası' olmak üzere ikiye ayrılır. Cavid Bey, Ergani mebusu İhsan ve eski Ardahan mebusu Hilmi Bey'in 7 Temmuzda Ankara'ya yollanacakları bildirilir. Cavid Bey'den sonra sorgusu yapılan Canbolat Bey, Cavid Bey'in evinde yapılan toplantının, Mustafa Kemal Paşa'ya götürecekleri teklifin hazırlanması ile ilgili olduğunu, ondan sonraki toplantının da Kara Kemal'in Mustafa Kemal Paşa ile yaptığı görüşmeyi öğrenmek için yapıldığını, suikasttan haberi olmadığını söyler.
