Fatih Sultan Mehmed, fetihten 17 yıl sonra, 1470 tarihinde İstanbul'da büyük bir külliye, yani 'site üniversite' kurmuş, caminin etrafında 'Tetimme' ve 'Sahn' (Lise-Üniversite) olarak sekizerden 16 medrese, imaret, tabhane aşhane, darü'ş-şifa, hamam, ilkokul ve bir kütüphane yaptırmıştır.
Fatih'in sadece İstanbul'da kurduğu kütüphanelerin sayısı 10'u geçmektedir. Her ne kadar Fatih Külliyesi'nin büyük vakfiyesinde, burada okunan fen bilimleri arasında tıbbın da bulunduğunu gösterir bir kayıt yoksa da İstanbul'daki tıp öğreniminin başlangıcının bu darüşşifaya bağlanması çok yanlış olmayacaktır. Çünkü külliyenin küçük vakfiyesinde darüşşifada tıp öğrencileri için odalar bulunduğu bildirildiği gibi bu hastanede bir 'Dersiam' bulunduğunu da biliyoruz.
İmparatorluğun genişleyen ve artan ihtiyaçlarını karşılamak üzere Kanuni döneminde 1555'de ikinci bir üniversite, 'Süleymaniye Külliyesi' kurulacaktır. Burada bir Tıp Medresesi ile birlikte bir eczane ve bir de hastahane kurulmuştur.
Bunların yanında klasik bir öğretim sistemi takip eden bu kurumlar bir süre sonra zamanın yeni gelişmelerine ayak uyduramadıkları için 3. Selim döneminde, 1804 yılında 'Tıbhane' ismiyle modern bir tıbbiye kurulmak istenmişse de mümkün olmamış, bu gelişmeyi ancak Sultan Mahmud gerçekleştirebilmiştir. Yeni ordunun sağlık personelini yetiştirmek amacıyla kurulan bu tıbbıyenin adı da 'Tıbhane ve Cerrahhane-i Âmire' olmuştur. Tıbhanede öğrenim süresi 5, Cerrahhane de ise 3 yıldır. Tıbhane ve Cerrahhane'de öğrenim İtalyancadır. Buradaki ilk Türk hocalar ise Hekimbaşı Mustafa Behçet Efendi ile kardeşi Abdülhakmolla ve Osman Saib Efendi'dir. Tıbhane ve Cerrahhane ayrı ayrı birkaç yere taşındıktan sonra 1838 yılında her ikisinin de Galatasaray'da Enderûn Ağaları Mektebi'nde 'Mekteb-i Tıbbıye-i Adliye-i Şahane' ismiyle birleştirildiğini görüyoruz. Buradaki eğitimin Fransızca olmasının yanında Latince de öğretilmiştir.
18. yüzyılda Batı'da çiçek salgınları kitleler halinde ölümlere sebep olurken Türkler çok eski tarihlerden beri insan çiçeği pistüllerinden aldıkları kabukları başka insanlara uygulayarak onların bu hastalığa yakalanmalarını ilkel bir yöntem olsa da önleyebilmişlerdir. Bu yöntem daha sonra insandan insana aşı olarak adlandırılacaktır. Ayrıca bu yöntem 18. yüzyılda İstanbul'da bulunan Lady Monteque'nun bir mektubu ile Avrupa'ya tanıtılacaktır. Yine bu yüzyılda Avrupa'da yapılan çalışmalarla ineklerden alınan iyileşmeye yüz tutan yara kabuklarıyla yapıldığında daha iyi sonuç alındığı görülmüştür. Osmanlı Devleti'nde 18. yüzyılın sonlarında yaşamış olan iki bilim insanı bu konudaki yayınları, yaptıkları çevirilerle hekimlere tanıtmışlardır. Bunlardan biri Şanizade Ataullah Efendi, diğeri Mustafa Behçet Efendi'dir.
Bütün bu gelişmelerin ardından 1890'da İstanbul'da çiçek aşısı elde etmek üzere bir 'Telkihhane' kurulmuştur. Yine Hekimbaşı Mustafa Behçet Efendi'nin üçüncü hekimbaşılığı döneminde Osmanlı ülkesinde 'Karantina İdaresi' kurulacaktır. Avrupa'da bu teşkilat ilkel de olsa 15. yüzyılın ilk yarısında Venedik'te kurulur. Bunların kurulmasında 14. yüzyılın ortalarında görülen büyük veba salgınının itici gücü de büyük bir etken olmuştur.
Karantinahanelerin Avrupa'da yayılması 18. yüzyılın ilk yarısında Marsilya veba salgınından sonradır. Bizde ise ilk Karantinahane ilk kolera salgınının İstanbul'da görüldüğü 1831 senesinde, geçici bir şekilde İstanbul'da kurulmuştur. Sonra bunu Doğu Akdenizdeki bir veba salgını sebebiyle 1835'de Çanakkale'de kurulan ikinci geçici bir 'Tahaffuzhane' takip etmiştir. 1837'de karantina yöntemine şer'î olarak cevaz veren fetva alındıktan sonradır ki 1838'de Osmanlı'da 'Karantina İdaresi'nin resmen kuruluşu ilan edilmiştir. İlk sürekli karantinahane Kuleli Askeri Lisesi'nin bulunduğu kışladır. Önemli karantinahanelerden Akdeniz'de Urla, Çanakkale ve Rodos, Karadeniz'de Sinop ve Trabzon, Marmara'da Kavak ve Tuzla'yı zikredebiliriz.
Bazı araştırmacılar Osmanlı tıbbını İstanbul'un fethinden önceki ve sonraki tababet olarak ikiye ayırmaktadırlar. Bunlardan ikisi Süheyl Ünver ve Bedi N. Şehsuvaroğlu'dur. Şehsuvaroğlu'na göre Osmanlı tıp tarihi asıl gelişmesini fetihten sonra kazanmıştır. Fetihten sonra Türkler İstanbul'u yeniden süslemeye başlamışlar bunun yanında çalışabilir bazı kurumları muhafaza etmişler ve bunların yanında da yeni birçok Türk eserini, Türk kurumlarını oluşturmuşlardır. Bu sayededir ki İstanbul kısa zamanda Türkleşebilmiştir. Bu amaçlar doğrultusunda Fatih Zeyrek'te ve Ayasofya'da medrese öğretimi başlarken bir yandan da İstanbul birçok kütüphaneler kazanmıştır. Süreç içerisinde Dünyanın birçok ülkesinden bilim adamları İstanbul'a gelmeye başlar. Fatih'in bu gelişmelere bakarak ayrıca kendi kişisel merakının da etkisiyle tababete büyük önem verildiği açıktır. Bunun en güzel örneğini Zeyrek ve Ayasofya'da geçici olarak açılan medreselerin yerini almak üzere inşa edilen ve döneminin Dünya çapında en büyük bilim kurumu olan muazzam Külliye'nin temelleri atılırken bu arada büyük bir Darü'ş-şifa'ya da yer verilmiştir. Bu hastahane aynı zamanda bir Darü't-tıb'dır.
Sonuç olarak Osmanlı Türk tıbbı Selçuklular döneminden gelen ve Osmanlı Devleti'nin kuruluşu ile hızlanan o parlak dönemini Fatih Sultan Mehmed ile birlikte çağını aşan bir gelişmişlik içinde izleyebilmiş, ancak Fatih'ten sonra birçok dinsel, sosyo ekonomik ve sosyo-kültürel nedenlerle gerilemeye, çağını takip edememeye başlamıştır. Ancak yine de bundan sonraki dönemlerde (17. yüzyıl sonuna kadar) birçok atılımlar ve gelişmeler olmasına rağmen 'Osmanlı Türk Tıbbı' artık Batı Tıbbı'nın esiri ve Batılı hekimlerin yönlendirmelerine boyun eğer olacaktır.