Elçibey, 7 Temmuz 1993 tarihinde yaptığı basın toplantısında söylenenin aksine Türkiye'nin, Fransa'nın ve Almanya'nın Cumhurbaşkanlığı döneminde kendisine övgüler düzdüklerini, oysa şimdi ise seslerinin çıkmadığını söyleyecektir. Elçibey'in bu zor durumunda destek, Azerbaycan Yüksek Mahkeme Başkanı Tahir Kırımlı'dan gelir; 'Azerbaycan'ın Cumhurbaşkanı hala Ebulfez Elçibey'dir diyen Kırımlı, Milli Meclis'in Parlamento Başkanı Haydar Aliyev'e Cumhurbaşkanı yetkilerinin devredilmesinin Anayasaya aykırı olduğunu vurgular. Ancak Azerbaycan'da oluşturulan soruşturma komisyonu 4 Haziran 1993 tarihli Gence olaylarında 30 kişinin ölümü ve 130 kişinin yaralanmasından devlet başkanı olarak yeterli tedbiri almamasını sebep göstererek Elçibey'i suçlu bulacaktır.
Bu arada Azerbaycan Milli Meclisi'nde Elçibey aleyhine soruşturma açılması görüşmeleri yapılır. Konu ile ilgili Azerbaycan'ın bağımsız haber ajansı Turan, Milli Meclis'te Elçibey aleyhinde cezai soruşturma açılması kararıyla sona eren oturumun 'senaryosu önceden yazılmış bir tiyatro oyununa' benzediğini bildirir. Ajansın Milli Meclis'te soruşturma komisyonunun raporuyla ilgili olarak iki gün devam eden görüşmelerle ilgili olarak yayınladığı raporda ; 'Kurnaz bir yönetmen olarak ustaca yönlendirdiği oturumlarda uzun süredir ilk kez Azerbaycan Parlamentosunun kürsüsünden Türkiye aleyhtarı ifadelerin oldukça sık kullanıldığının dikkati çektiği belirtilir. Ayrıca Halk Cephesi üyeleri de tutuklanmaya başlandı' denecektir.
Azerbaycan'da 'Devrik' Cumhurbaşkanı Elçibey'in lideri olduğu Halk Cephesi üyelerini tutuklama girişimleri Ankara tarafından öfkeyle karşılanır. Dışişleri Bakanı Hikmet Çetin, Aliyev ve Hüseyinov'un girişimlerine karşı olduklarını ve hükümetin bu görüşü Aliyev'e ilettiğini hatırlatır. Darbe sırasında Aliyev ve Hüseyinov'a destek veren Milli İstiklal Partisi lideri İtibar Memedov Ankara'ya gelerek Dışişleri Bakanı Hikmet Çetin'le görüşür ve darbeden sonra devre dışı bırakılan Memedov'un çark ederek darbecilere karşı cephe aldığı görülecektir. Türk Dışişleri Bakanlığı'nın Memedov'u Elçibey'in alternatifi olarak algıladığı, ancak Memedov'un darbe sırasındaki tutumunun Ankara'da hayal kırıklığı yarattığı bildirilir. Basına haber vermeden gerçekleşen görüşmede tarafların zedelenen güveni yeniden tazelenecek ve Azerbaycan'da anti demokratik uygulamalara karşı mücadele edilmesi gerektiği konusunda görüş birliğine varıldığı belirtilecektir.
Azerbaycan'ın devrik Cumhurbaşkanı Ebulfeyz Elçibey ise 20 Temmuz 1993 tarihinde darbeden önce Azerbaycan devlet sekreteri görevini yapan Ali Kerimli'yi Nahçıvan'dan Türkiye'ye gönderir. Dışişleri Müsteşarı Özdem Sanberk'le görüşen Kerimli'nin Hikmet Çetin'le olan görüşmesi iptal edilir. Milliyet muhabiri ile görüşen Kerimli Ankara'ya Elçibey'in Bakü'ye geri dönmesinin ve Azerbaycan'da demokratik ortamın yeniden oluşmasının sağlanması için geldiğini söyler. Dışişleri Bakanı'nın yoğunluğu nedeniyle görüşemediğini belirten Kerimli, Cumhurbaşkanı Demirel'den de randevu istediğini, Ankara'daki Batılı ülke temsilcileriyle de görüşeceğini belirtir. Kerimli Türkiye'nin Azerbaycan'ın demokratik ortamına yeniden kavuşması için yapacağı daha çok şeyin bulunduğunu savunurken, 'Demokrasileri korumak her demokratik ülkenin görevidir' diye konuşarak üstü kapalı olarak Türkiye'yi eleştirir. Öte yandan Azerbaycan Tarım Bakanı Tevfik Cevatoğlu da Ankara'da CHP Genel Başkanı Deniz Baykal'la bir görüşme yaparak Elçibey'in Bakü'ye dönüşü için gerekli ortamın sağlanmasını, kanunsuz yapılan tutuklamalara son verilmesi ve Azerbaycan'da bugünkü durumun incelenmesi amacıyla bir milletvekili ve hukukçulardan oluşan bir heyetin gönderilmesini ister.
Afyon Milletvekili Gaffar Yakın, 21 Temmuz 1993 tarihinde TBMM'de yaptığı konuşmada, Elçibey konusunu da gündeme getirerek, Elçibey'in tüm uluslararası anlaşmalar çiğnenerek fiilen iktidardan uzaklaştırılmasını Rusya'nın sevinçle karşıladığını, bunu Fransız Lemonde Dergisi'ne verdikleri demeçte açıkça belirttiklerini, BDT'a katılmamanın bedelini Elçibey'in ödediğini, ayrıca Elçibey'in iki Azerbaycan'ın birleştirilmesi fikrinden korkan İran'ın Rusya ile gizli ittifak ilişkisinde olduğunu belirterek Elçibey'in görevden uzaklaştırılmasının bir proje olduğunu savunur.
Ankara, Azerbaycan'ın devrik Cumhurbaşkanı Elçibey'le ters düşmüştür. Hükümet Azerbaycan'da yönetimin meşruiyet kazanması için bir an önce referandum yapılmasını isterken Elçibey Ankara'ya referandumu ancak kendisinin Bakü'ye geri dönmesi durumunda kabul edeceği mesajını verir. Elçibey, kendisi Bakü'ye dönmeden yapılacak referandumu boykot edeceğini, sonuçlarını da kabul etmeyeceğini Ankara'ya bildirir. Türk Hükümeti'nin konuya üç ilke doğrultusunda baktığını belirten Kerimli, bu ilkelerin 'Azerbaycan'da demokratik sürecin devam etmesi, yönetimin anayasaya uygun hareket etmesi ve Azerbaycan'ın iç savaşa girmesinin engellenmesi' olduğunu açıklar.
Elçibey'e yapılan darbe Türk basınında geniş yer bulur. Milliyet gazetesi yazarı Nur Batur; 'Elçibey'in devrilmesi Türkiye'nin Türk Cumhuriyetleri politikasına indirilen büyük bir darbedir. Olay Türkiye'nin Kafkasya ve Orta Asya politikası açısından bir darbe niteliği taşıyor. Çünkü bütün Türk Cumhuriyetleri arasında Atatürk'e hayran olup, Türkiye'yi model alan tek liderin Elçibey olduğu bir gerçektir ve Elçibey'in sonu maalesef hüzün vericidir. Elçibey'e karşı düzenlenen darbenin ardında Moskova'nın parmağı olduğunu gösteren ciddi işaretler var. Rusya'nın etkisinden bir türlü kurtulamayan diğer Türk liderlerin bu olaydan sonra Türkiye'ye karşı son derece mesafeli olmaları kaçınılmazdır. Elçibey'in devrilmesiyle Türkiye'nin sadece Kafkaslardaki ağırlığı azalmıyor, aynı zamanda Orta Asya'ya açılan kapı büyük ölçüde maalesef kapanıyor…' diyerek gerçekçi bir değerlendirme yapar. Ancak Ağustos ayında yeni yönetimin kontrolünde yapılan referandum sonucunda Azerbaycan'ın demokratik seçimle iş başına gelen Cumhurbaşkanı Ebulfez Elçibey'in görevi resmen elinden alınmıştır'. diyecektir.
7 Haziran 1992 tarihinde Azerbaycan'da yapılan ilk serbest demokratik seçimle Azerbaycan'a Cumhurbaşkanı olarak seçilen Ebulfez Elçibey, Türkiye ile Azerbaycan ilişkilerinin her alanda kurulabilmesi için büyük çaba sarf etmiştir. Türkiye Cumhuriyeti'nin Kurucusu Ulu Önder Mustafa Kemal Atatürk'ün yolunu benimseyen Elçibey, Türkiye'yi rol model olarak görmüş ve diğer Cumhuriyetlerin de Türkiye Cumhuriyeti Devleti ile yakınlaşmasında önemli bir etkiye sahip olmuştur. Azerbaycan'ın Türkiye'den beklentileri; faizsiz kredi ve petrolünü satabilmek için aracılık talebidir. Türkiye gerekli krediyi sağladığı gibi ABD ve İngiliz Konsorsiyumunun Azerbaycan ile petrol almak üzere gelmesine de aracılık etmiştir. Bunun yanında ekonomiden, turizme, ulaşımdan, enerjiye, askeri işbirliğinden, eğitime kadar onlarca anlaşma imzalanır. Ancak Elçibey'in, Tam bağımsız bir Azerbaycan ilkesinden hareketle BDT ile anlaşmaması, Rusya'ya akan petrolün kontrolünü kendisinin kullanmak isteği ve Güney Azerbaycan'a yönelik açıklamaları gerek Rusya'yı ve gerekse İran'ı tedirgin etmiş ve Elçibey'e karşı büyük bir mücadelenin başlamasına da neden olmuştur. Rusya, Ermenistan'ı kullanarak Azerbaycan topraklarını işgal ettirerek Türkiye ile bağını kestiği gibi Azerbaycan'da yönetimin değişmesinde de etkili olmuştur. Türkiye başlangıçta Elçibey liderliğindeki Azerbaycan ile çok yakın ilişkiler kurmuşken yönetime müdahalenin gelmesi ve Elçibey'in Nahçivan'a çekilmek zorunda kalması ile birlikte tavır değiştirmiş ve Başbakan Demirel Azerbaycan'da etkinlik kazanan Haydar Aliyev'in yanında yeralmıştır. Böylece Rusya'nın zayıflamasına rağmen eski hinterlandında onaylamayacağı hiçbir yönetimin görevde kalamayacağı gerçeği ortaya çıkacaktır ki bu durum diğer Türk Cumhuriyetlerinin de Türkiye ile olan ilişkilerini buna bağlı bir biçimde etkileyecektir (Son).