Bu arada, birkaç davanın daha sonuçlanmasından sonra savcılık, bir bildiri yayınlar. 'Bağımsız Kürdistan' kurmak amacıyla çalıştıkları sabit görülerek idama mahkum edilmiş olan Şeyh Eyüp ve Dr. Fuat Bey'in bu kararlarının uygulandığı, Cumhuriyet hükümeti aleyhine ve Şeyh Said lehinde propaganda yapan Yürekli Terzizade Abdurrahman'ın hafifletici sebeplerle, 15 yıl kürek cezasının 5 yıla indirilerek Sinop'a yollandığı, Diyarbakır mebusu Fevzi Bey'in fabrika bekçisi ve adamı olan Hasan adlı birinin asilere cephane ve silah yerlerini göstermek ve bazı askerlerin esir olmasına sebebiyet verdiğinden idama mahkum olup, kararın mutlaka uygulanacağını bildirdikten sonra, halk egemenliğine dayanan 'Türkiye Cumhuriyeti Devleti'nin Büyük Millet Meclisi'nin' yargı yetkisini uygulamakla görevli olan hakimler heyetinin, milletin iradesine dayanarak yerine getirdiği, adaleti görerek ve duyarak emin olmaları için her çeşit araçla en gizli yerlere çabuk bildirilmesi istenmektedir.
Duruşmalar sırasında Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası'nın adının geçmesi etkisini göstermekte gecikmez. Şeyh Eyüp'ün yargılanmasından sonra, Yakup Kadri Bey, Hakimiyet-i Milliye'deki yazısında sanığın açıklamalarına değindikten sonra, Terakkiperver Fırka'nın, Doğuda Fethi Bey aracılığı ile kimlerle işbirliği yaptığının açıkça anlaşıldığını, özellikle Fethi Bey'in, 'Halk Fırkası, dini batırdı. Biz onu kurtaracak ve koruyacağız' sözünün Terakkiperver Fırkası'nın nasıl çalıştığının açık örneği olduğunu, kurucularının da bundan sorumlu olduğunu ileri sürerek, parti ileri gelenlerinin sorumluluk kabul etmedikleri yolundaki açıklamalarının da geçersiz olduğunu belirtmektedir. Bu konuda, İstiklal Mahkemelerinde bir çok kişinin yargılanarak suçlu bulunduğunu örnek göstererek, 'İstiklal Mahkemelerinde adaletin eli, muhalif fırkanın teşkilatının üzerindeki perdeleri böyle birer birer açtıkça, sahnenin arkasındaki kuliste hasıl olan çirkin ve çıplak iskeletler yavaş yavaş meydana çıkıyor' diyerek ayaklanma ve bölücülük olaylarının arkasında Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası'nın bulunduğunu ileri sürer.
22 Nisan'da, Ordu Müfettişi Kazım Paşa, İstiklal Mahkemesi üyelerini ziyaret eder. Mazhar Müfit Bey'in bulunmadığı bu görüşmede Kazım Paşa, Silvan yöresinde firar durumunda olan bazı asilerin ve Şeyh Şemseddin'in sığınmak istediklerini belirterek, bu konuda mahkemenin görüşünün ne olduğunu sorar. Savcı Süreyya Bey, sığınmanın af anlamı taşımaması şartı ile, silahını bırakarak teslim olmak isteyen birine, teslim olmayın denemeyeceğini belirtir. Yargıçlar ise, görevlerinden dolayı görüş belirtmezler. Bayram dolayısıyla, tatil için gittiği Mardin'den dönen Savcı Süreyya Bey, Başbakanlığın 28 Nisan 1925 yılında Savcılığa yolladığı yazıyı almıştır. Başbakan İsmet Paşa, Silvan dolaylarında, teslim olmak isteyen Şeyh Şemseddin ve arkadaşları ile ilgili haber aldıklarını ve Müfettiş Kazım Paşa ile görüşerek derhal cevap verilmesini istemektedir. Kendi görüşünü de belirterek, adı geçenlerin affedilmelerinin ayaklanma olaylarının tekrarına yol açacağını, İstiklal Mahkemesinde yargılanmalarının gerekli olduğunu, eğer kayıtsız şartsız teslim olurlarsa, bu hareketlerinin mahkemece hafifletici bir sebep olarak değerlendirilebileceğini, yöre halkını yatıştırıcı önlemlere gerek olduğunu belirtir. Bu yazı Savcılığa 29 Nisan'da gelir. Aynı gün Başbakana verilen cevapta ; Kazım ve Naci Paşaların Diyarbakır'da olmadıklarını, fakat konuyu daha önce görüşmüş olduklarını belirttikten sonra 'Ayaklanma bağımsız bir Kürdistan kurmak amacıyla çıkmıştır. Birçok yıllar hep bu amaç için çalışılmış olduğu kesindir. Bu ruhun ölmesi ve öldürülmesi en kutsal milli bir görevdir. Bunun için Kürdistan'da baş olabilecek bütün zararlı kişilerin kesinlikle affedilmemeleri gereklidir' denmektedir. Başbakanın görüşüne katıldığını, görüşünü Kazım Paşa'ya daha önce söylemiş olduğunu, Şeyh Şemseddin'in affedilmemek, ancak yargılanması şartıyla sığınmasının kabul edilebileceği belirtilmektedir. Başbakanın cevabı aynı akşam gelir. Konu Bakanlar Kurulu'nda görüşülen ve Genelkurmay'ın kabul edilen teklifi, Hükümetin görüşü olarak Savcılığa bildirilir. Şeyh Şemseddin ve arkadaşlarının yargılanmasından kesinlikle vazgeçilmiyor, onların bu isteklerinin daha önce 1. Alay'ın ilerlemesi sırasında da yapıldığı ve askeri harekatı yedi gün geciktirmiş olduğu, bölgede büyük yıkıma sebep oldukları hatırlatıldıktan sonra, kayıtsız şartsız teslim olmaları ve İstiklal Mahkemesi'nde yargılanmalarında ısrar edilmektedir. Bütün asilerin kesinlikle ve derhal yakalanmaları, ayaklanmanın en kısa sürede bastırılmasının devletin iç ve dış çıkarlarının gereği olduğu vurgulanmaktadır.
Kazım Paşa, ayaklanmanın af yoluyla daha çabuk sona erdirilmesi görüşünde olduğu için, bu konuyu Genelkurmay aracılığıyla Hükümet'e duyurmuştur. Fakat Başbakan, Kazım Paşa ile yapılan yazışmadan sonra, İstiklal Mahkemesi Savcılığı'nın da görüşünü almak gereğini duymuş ve hükümetin genel politikasına da uyduğu için istenen af gerçekleşmemiştir.
3 Mayısta, İstiklal Mahkemesi'nin yetkisi konusunda önemli bir anlaşmazlık ortaya çıkar. Yargıçlar, mahkemenin yetkisinin çok geniş olduğunu, askeri ve mülki ceza kanunlarının ve diğer kanunların her maddesine giren bütün suçların yargılanmasına yetkili olduklarını savunmaktadırlar. Savcı ise, yetkilerinin 'İstiklal Mehakimi Kanunu' ile sınırlı olduğunu, bu yetkinin dışına çıkılamayacağını hatta bazı suçluların, suçlarının ait olduğu mahkemelere, İstiklal Mahkemesi'nce yollanmış olduğunu hatırlatarak görüşünü belirtir. Özellikle Ali Saib Bey, savcının kendi görüşlerine katılmasında ısrar edince tartışma sertleşir. Lütfi Müfit Bey'in, Kemal Fevzi Bey'in idamına Savcı'nın engel olduğunu söylemesi, tartışmayı iyice sertleştirir. Savcı, Kemal Fevzi'nin hain olduğunu fakat çıkarılmış bulunan af kanunundan yararlandığını hatırlatır. Aynı gün öğleden sonra, bu konu yine ele alınır. Süreyya Bey'in, konuyu Ankara'ya bildireceğini söylemesi üzerine Lütfi Müfit Bey, 'Bizim belli bir amacımız vardır. Ona varmak için ara sıra kanunun üstüne de çıkarız' der. Savcı, kanunun üstünlüğüne inandığını belirterek, görüşmeyi terk eder. Lütfi Müfit Bey'in sözlerinde devrimci eylemin ve İstiklal Mahkemelerinin karakterini belirtmesi yönünden büyük bir doğruluk payı bulunmaktadır.
Mayıs 1925'te Savcı Süreyya Bey, Milli Savunma Bakanı Recep Bey'e yazdığı yazıda, Ankara İstiklal Mahkemesi'nce uygulandığı için kendi mahkemelerinde de, Ceza Kanunu'nun her maddesinin uygulanmasının yargıçlar tarafından istendiğini ve bu yüzden çıkan anlaşmazlığı belirttikten sonra, yargıçların idari kararlar da vermek istediklerini, fakat mahkemenin önemli kararları bile sonuçlandıramayacak kadar çok işi olduğunu belirtir. Cumhurbaşkanı ve Başbakanın görüşü alınarak, yetki konusunun açıklığa kavuşturulmasını ister. Recep Bey, durumun üzücü olduğunu ve bu sebeple Cumhurbaşkanı ve Başbakana bildirmediği cevabını verir. Kendi görüşünü de belirterek, mahkemenin yetkilerinin geniş olduğunu, Takrir-i Sükûn Kanunu'nda da bunun görüşüldüğünü, Ankara İstiklal Mahkemesi'nin de bu görüşle çalıştığını belirterek, savcılığın bu esaslar içerisinde yargıçlarla anlaşmasını ister. Ancak, Başbakan'ın Savcı Süreyya Bey'e yolladığı 9 Mayıs tarihli yazıdan, konuyu sonradan Başbakana anlattığı anlaşılmaktadır. İsmet Paşa, yazısında, konuyu tesadüfen öğrendiğini ve mahkemenin başarılarının takdirle izlendiğini bildirir fakat herhangi bir görüş belirtmez. Bunun üzerine Süreyya Bey, aynı gün yolladığı yazısıyla, Başbakanın görüşünü ister. Fakat cevap gelmez. Belli ki Başbakan da Recep Bey ile aynı görüşü paylaşmakta ve ahenkli çalışmayı önermektedir. Süreyya Bey, bu anlaşmazlığın Ankara'da yanlış yorumlanmaması için, 3 Haziran da Kılıç Ali Bey'e yolladığı mektupla durumu açıklığa kavuşturmak ister.
Hükümet ve onun da üstünde Cumhurbaşkanı devrimci uygulamaların sınırlandırılmasını istememektedir. Nitekim, Süreyya Bey bu nedenle yalnız kalmıştır. Yargıçlar ile Savcı arasındaki anlaşmazlık, Ali ve Lütfi Müfit Beylerin 'gerekirse kanunların üzerine çıkarız' görüşünün üstün gelmesiyle sonuçlanır. Bu görüş Atatürk'ün 16 Ocak 1923 tarihinde İzmit'te yaptığı basın toplantısındaki 'İnkılabın kanunu, mevcut kanunlar üstündedir' sözüyle aynıdır. Bundan sonra İstiklal Mahkemesi ayaklanma ile ilgili idari ve askeri tüm suçları ve diğer suçları da yargılamaya başlayacaktır (Devam Edecek).
