Temiz tatlı su kaynaklarının azalması, telafisi en güç zararlara yol açan sorunlar arasındadır. Bir yandan nüfus artışı ile birlikte toplum olarak ihtiyaç duyulan içme-kullanma suyu miktarının hızla artması, bunun yanı sıra, gıda güvenliği ve güvencesi için, doğal yaşamın sürdürülebilmesi için, enerji üretimi için, sanayi malları üretimi için, turizm ve daha birçok alan için gereken temiz tatlı su ihtiyacının artmasına karşılık, sahip olduğumuz potansiyeli de tam olarak kullanamazken, mevcut kullanılabilir su kaynaklarının giderek azalıyor olması çok kaygı vericidir.
Dünyanın ekolojik dengesinin korunması ve yaşamın devam etmesinde, su kaynaklarının çok büyük önemi vardır. Kullanılabilir (temiz) su kaynaklarında giderek artan kirlenme nedeniyle, toplumlara “içme ve kullanma suyu” sağlanmasında ciddi sıkıntılar çekilmekte, kirletilmiş sular nedeniyle; doğal yaşamda büyüme, gelişme ve üremede zararlar olmakta, çeşitli hastalıklar daha etkili olarak yaşamı zora sokmaktadır. Temiz tatlı su kayıpları bakımından en zararlı etkiyi, arıtma yapılmadan, her türlü atığın akarsu, göl, gölet ve barajlara deşarjı (gönderilmesi) yapmaktadır. Yerleşim yerlerinin, sanayi tesislerinin, turizm tesislerinin büyük oranlarda bu tarz kirlenme zararına neden oldukları ifade edilmektedir.
Tarımsal üretimde aşırı gübre (özellikle kimyasal) ve kimyasal mücadele ilaçları kullanıldığında; bunların yağışlar, sulama ve erozyon (toprak aşınımı ve taşınması) yoluyla, yüzey ve yer altı sularına karışarak onları kirletmesiyle de önemli miktarda temiz tatlı su kaybı olmaktadır. Araçlar, yakma tesisleri (çöp vb.) ve termik santrallerden salınan kükürt dioksit ve azot oksit, havaya karışıp, orada sülfürik asit ve nitrik asit meydana getirebilir ve bunlar yağışlarla yer yüzüne indiklerinde (asit yağmuru olarak), suları kirletirler ( asit yağmuru insana, toprağa, bitkilere ve ağaçlara doğrudan da zarar verir).
Ayrıca, asit yağmuru toprağın yapısını da etkileyerek kalsiyum, magnezyum gibi elementlerin, yıkanarak taban suyuna karışmasına, toprağın asitleşmesine (pH değerinin düşmesine) böylece tarımsal verimin azalmasına da yol açmaktadır. Ülkemizde pek çok su havzasında kirlenme önemli boyutlardadır. Katı atık depolarından (çöp, gübre vb.) olan sızıntı suları da kirleticidir, depolamaların bunlara dikkat edilerek yapılması önemlidir. Tarımsal sulama sularının kalitesi de fazlasıyla önemlidir. Sulama yoluyla toprağa verilen suların bitkilerce alınamayan ve tutulamayan fazla kısmı yüzey üstünden akar ve/veya yüzey altına sızar. Yüzeyden akıp giden sular, akarsular gibi yüzey sularına ulaşabilirler. Tarım ilaçları ve gübreler vb. kimyasalların bu sulara karışması, bu kaynakların kirlenmesine neden olur. Tarımsal mücadele için kullanılan kimyasal ilaçlarının; toprağa, bitki ve/veya tohum üzerine uygulanması ile birlikte toprağın özelliklerine, kimyasalların çözünebilirliklerine, kalıcı özellikte olup olmadığına ve iklim faktörlerine bağlı olarak çeşitli sürelerde yüzey ve yeraltı sularına taşınması da mümkün olmaktadır.
Kimyasal ilaç kalıntılarının yanı sıra, toprağın verimini artırma amaçlı olarak kullanılan doğal veya sentetik gübreler sulama suyunda bulunabilmektedir. Bunların yüzey sularına ulaşmaları “ötrofikasyona” (çeşitli besin artık ve atıklarının özellikle durgun sularda meydana getirdiği aşırı yosunlaşma, en çok da fosforun meydana getirdiği alg patlaması) ve zehirliliğe neden olabilmektedir. Ayrıca sulama sularının içindeki mineral tuzların toprakta tutulması doğrudan su kirliliği yaratmasa da, toprak kirliliğine ve tuzlanmaya yol açabilmektedir. Tuzlanma; yetersiz drenaj nedeniyle, sulama veya yağışlarla toprağa gelen suyun geçirimsiz veya geçirgenliği az olan bir katmanda birikerek taban suyu oluşturmasıyla başlamaktadır.
Taban suyunun doğrudan veya kılcal (kapilar) yükselişle kök bölgesine ulaşması, bitki gelişimini olumsuz etkilediği gibi, tuzlu ve alkali toprakların oluşmasına da neden olabilmektedir. Türkiye'de sulamaya açılan birçok alanda drenaj sorunu vardır. Doğal drenaja sahip olmayan geniş alanlarda tuzluluk ve alkalilik sorunu ciddi bir problemdir. Geçmişte çiftçilerin bilinçsizce aşırı su vererek yaptıkları sulamalar sonucu üretim potansiyeli yüksek bazı ovaların topraklarında çoraklaşmalar olmuş, drenaj yetersizliği olan kısımlarda taban suyu seviyesinde yükselmeler ve birçok yerde bataklıklar oluşmuştur. Üreticilerin aşırı su kullanımına da neden olan “salma sulama (vahşi sulama)”, yapılması, toprağın en verimli olan üst tabakasının, aşınıp-taşınmasını (erozyon) artırmakta ve su kalitesini de bozmaktadır. Çölleşme ile Mücadele Türkiye Ulusal Eylem Programı, ülkemizde çölleşmenin nedenleri arasında; plansız ve çok sayıda artezyen kuyusu açılması, aşırı ve/veya gereksiz sulama yapılması ile yer altı suyunun giderek azalması ve derine inmesi, deniz kıyılarına yakın yerlerde aküferlere deniz suyu girmesi sayılmaktadır.
Aşırı sulama, bilinçsiz gübre ve kimyasal ilaç kullanılması, arazi kullanımının hatalı olması, toprak sıkışması gibi nedenlerle, Seyhan ve Ergene Havzalarında, Menemen (İzmir), Harran (Şanlıurfa) da özellikle “yer altı sulama sistemiyle” sulanan Akçakale ve Ceylanpınar Ovalarında ve Konya, Muş, Iğdır ovalarında bu sorunlarla daha sık karşılaşılabilmektedir, ancak bu sorunlar, birazı eksik, birazı fazla olarak ülkemizin birçok üretim alanında zaman zaman karşılaşılan sorunlardır. Arka arkaya yaşadığımız kuraklıklar nedeniyle giderek daha derinden çekilen suların içinde, derinlerde biriken tuzlar, zehirli maddeler bulunabilmektedir. Bunlar ve kimyasal atıkların arıtılmadan deşarj edildiği akarsu ve kanallardan ve durgun sulardan alınan sularla yapılan sulamalarla, ürüne zarar verildiği gibi toprakta da giderek kalıcı hale gelecek bir alkalilik sorununa yol açılabilecektir.